朝廷立即批准他的奏请，下旨让金运昌领军速去肃州报到，并且增派侯名贵、章洪胜、方友升三营出关，加入刘锦棠的队伍。
根据左宗棠的命令，让他们在后方搜捕残敌，保护通道的安全与顺畅，要求把军火与粮食一定要源源不断地运往乌鲁木齐，集中储备起来，等待急用。
公元1876年(光绪二年)九月，进军南疆的准备工作已基本就绪，却又出现意想不到的事件。那些反对西征的大臣们，又节外生枝，在朝廷掀起一股波澜。有人向朝廷奏道：
“俄国人曾经表示态度道：‘只待清军收复了乌鲁木齐和玛纳斯城，就交还伊犁了。’如今西征大军已经攻占了乌鲁木齐和玛纳斯城，朝廷该派人向俄国人交涉，索还伊犁。”
还有人趁势说道：
“西征太多的耗费人力、物力，特别是财力，对国家影响甚大，能提前结束更好……”
在这些反对派的压力之下，总理衙门来信征求左宗棠意见，信中说道：
“……进兵南疆能否暂时停止，等到收回伊犁之后再发兵，亦未为晚也。”
左宗棠立即复信总理衙门，耐心地驳斥了那些人的错误论调，坚持认为：
“北疆虽已平定，南疆正是安集延人的盘踞之地，应该乘胜打过去，消灭阿古柏势力；不能停下来，给敌人以喘息机会……”
