章太炎提出“分镇”，而“借权”的还是汉族地方督抚，又以曾国藩“俯首下心，以事辫发之孱胡”为“失机”，满、汉之间，还有界限。这样，在此后全国革命形势迅速高涨的情况下，促使他和“尊清者”划清界限，走上革命道路。
1902年章太炎第二次流亡日本时，和孙中山“定交”，渐由“革政”转入革命。并举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，表示坚决反对清政府的反动统治，“民今方殆，寐而占梦……觉悟思之，毁我室者，宁待欧美”。“哀我汉民，宜台宜隶。鞭棰之不免，而欲参与政权；小丑之不制，而期扞御皙族，不其忸乎？”不推翻清政府，是不能挽救民族危亡的。次年，他被逮入狱。不久，孙中山发表《敬告同乡书》，号召划清革命与保皇的界限，说：“革命者，志在扑满而兴汉；保皇者，志在扶满而臣清。事理相反，背道而驰”[41]。1905年，中国同盟会成立。等到章太炎出狱赴日，革命已为时代主流，章太炎也跟随时代步伐，“入同盟会，编辑《民报》”。由上可知，他第一次赴日，还主张“革政”；第二次赴日，转入革命；第三次赴日，参加革命组织，主编革命派的机关报了。
