作为新选组的中流砥柱，在京都的六年里，无论是小到和人走路撞了一下肩膀然后打群架，还是大到拿起武器和敌人展开白刃战，这里面几乎都有他永仓新八的身影，而这一路走来，也让他的身体伤痕累累，根据其自述手记上记载，共有七块。
永仓新八在戊辰战争爆发后没多久便脱离了新选组，回到了江户。后来又做了杉村家的养子，以避免明治政府方面的缉捕。再后来他开了个剑道馆，教了一些徒弟，在这期间，他还为近藤勇和土方岁三修建了墓碑。
明治二十四年（1891），中日两国战争一触即发，此时已经52岁的永仓新八上书新政府，说要参加拔刀队，赴海外作战。明治政府那边效率还是蛮高的，没几天就回了一封信，大致内容是您老人家的心意我们领了，不过目前并不缺人手。也就是说算是婉言拒绝的意思。结果永仓新八看了信之后就哈哈大笑起来：“那些萨长的家伙们一定觉得借用新选组的力量是一件无比坍台的事儿吧。”
上了年纪之后的永仓新八终日呆在家里颐养天年，最大的兴趣爱好就是带着孙子们去电影院看电影。有一次，电影散场，他拄着拐杖颤颤巍巍地走出了影院，因为光差的缘故，所以一时间连步子都迈不稳了，一旁的孙子赶忙将其扶住，好不让他跌倒。此时，永仓新八长叹一声：“近藤和土方都死得太早啦，留下我一个孤苦伶仃的老头子活了那么久，不过也好，要不这样，我还看不到电影这种新奇玩意儿呢。”